Im Jahre 1921 gründet Emil Pauly die „Friedrichsdorfer Zwieback und Nährmittelfabrik Pauly“.
Aus den Buchstaben seines Namens entwickelte er den künftigen Firmennamen Milupa, den das Unternehmen seit 1930 trägt. Der Einstieg in die Kindernahrung erfolgte im Jahre 1932 mit „Pauly’s Nährspeise“. Nur ein Jahr später verkaufte Emil Pauly sein Unternehmen an Philipp Bender und Heinz Koch. Die beiden Kaufleute behielten den damals schon gut eingeführten Namen Milupa bei.


1968 führte Milupa unter dem Namen Aptamil eine Milchnahrung ein, die im Eiweiß an die Muttermilch adaptiert war.
Seit dieser Zeit ist Muttermilch das große Vorbild für die Milupa Forschung. Die Altana AG der Dr. Herbert Quandt-Gruppe erwarb 1969 das Unternehmen. Die neu entstandene Milupa AG entwickelte sich in der Folge unter dem Claim „Die Mutter und Kind AG“ zum größten deutschen Hersteller im Bereich Säuglingsnahrung.


Im Jahre 1995 übernahm die Nutricia das Friedrichsdorfer Unternehmen. Zusammen mit den Schwestergesellschaften Cow&Gate und Nutricia entstand später daraus Royal Numico.

Genau abgestimmt auf Kinder ab einem Jahr führte Milupa im Jahre 1997 eine spezielle Kindermilch unter der Marke Milupino ein.


Die Milupa-Forschung setzte im Jahre 2002 erneut einen Meilenstein in der Weiterentwicklung von Babynahrungen: So wurden den Milupa-Säuglingsnahrungen (Aptamil, Milumil) nach dem Vorbild der Muttermilch Prebiotics zugesetzt. Diese fördern eine gesunde Darmflora und unterstützen so die Abwehrkräfte.

Im Oktober 2007 übernahm Danone die Royal Numico. Die Muttergesellschaft von Milupa ist in insgesamt 120 Ländern vertreten und beschäftigt fast 90.000 Mitarbeiter in 200 Niederlassungen. Danone ist heute der europaweit größte Anbieter von Babynahrung.

Heute ist Milupa in Deutschland unangefochtener Marktführer im Bereich Milchnahrungen und Instant Milchbreie.